Разница между полногеномным секвенированием и дробным секвенированием
Это методы, используемые для оценки и последовательности ДНК генома организма за один раз.
Похожесть
Сходство между секвенированием всего генома и секвенированием методом дробовика заключается в следующем:
- Оба метода связаны с секвенированием фрагментов дезоксирибонуклеиновой кислоты.
- Оба метода связаны с фрагментацией генома.
- Оба метода используют дигитализацию и основаны на компьютерах.
- Оба метода играют важную роль в научных исследованиях и в молекулярной диагностике.
Секвенирование целого генома
Секвенирование целого генома (WGS) — это подробный метод исследования всей геномной последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты клетки за один раз.
Цельногеномное секвенирование стало доступно после публикации проекта HumanGenomeProject, который стал эталоном для секвенирования генома человека.
Пулевое секвенирование
Секвенирование методом дробовика включает в себя незапланированное разделение последовательностей дезоксирибонуклеиновой кислоты на множество мелких фрагментов, а затем их сборку (последовательность) путем выяснения областей перекрытия.
Разница между секвенированием всего генома и дробным секвенированием
Описание
Секвенирование целого генома
Секвенирование целого генома (WGS) — это одноэтапный процесс организации. В этом методе сначала происходит срезание всего генома (гаплоидного набора хромосом микроорганизма). После этого каждый из этих крошечных хрупких осколков в случайном порядке подвергается процессу упорядочивания. После завершения процесса упорядочивания или секвенирования проводится анализ. Во время оценки расположения/последовательности происходит устранение наложения процесса секвенирования, и оценка не является упорядоченным методом. Таким образом, сборка последовательностей является менее успешным и эффективным процессом. Однако процесс секвенирования всего генома более быстрый, и оценка всего генома (гаплоидного набора хромосом микроорганизма) может быть проведена за один раз.
Секвенирование методом дробовика
Дробное секвенирование — это лабораторный метод оценки последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты генетического материала (генома) организма. Метод заключается в разбиении генетического материала организма на мельчайшие фрагменты дезоксирибонуклеиновой кислоты, которые представляют собой отдельные последовательности.
Использование
Секвенирование целого генома
- Новорожденные и детские заболевания – Вычитает структурные варианты и сканирует экзонные области, которые не захвачены должным образом.
- Испытания лекарственных средств и фармакогеномика — РГС предлагает полезный механизм для клинических испытаний, который помогает классифицировать людей (пациентов) на основе их реакции на исследуемое лекарство или препарат.
- Регуляторные вариации и eQTLs.
- Редкие виды опухолей – WGS является правильным методом исследования редких опухолей. Этот метод помогает изучать и фиксировать весь спектр мутаций, от единичных изменений оснований (одно основание в дезоксирибонуклеиновой кислоте отличается от обычного основания в данной позиции) до более крупных хромосомных перестроек, в рамках одного эксперимента.
- Clan Genomics – Family Disease Pedigrees – собирает мультиплексные родословные семей, страдающих от генетических проблем.
- Большие когорты с расширенным фенотипированием.
Секвенирование методом дробовика
- Исследование последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты генома организма.
- Эффективный метод косвенного секвенирования рибонуклеиновой кислоты или белков (через их открытые рамки считывания).
- Наиболее предпочтительный метод для секвенирования всех других видов гаплоидного набора хромосом микроорганизма. Полный гаплоидный набор хромосом многих организмов, – корова, курица, крыса, растение Arabidopsis thaliana, иглобрюх, и многие микроскопические организмы были секвенированы по этой методике.
- Почти законченные и почти окончательныеde novo сборки микробных геномов за очень короткое время.
- Возможность секвенирования больших, сложных геномов.
- Длина чтения в системеGS FLX+ до 1 кб.
- Выполнение гибридных сборок.
Шаги
Секвенирование целого генома
- Генерирование чтений секвенирования непосредственно из хранилища целого генома (гаплоидного набора хромосом микроорганизма).
- Применение вычислительных методов для сборки за один шаг.
- Используется для плодовой мушки (Drosophila Melanogaster) и компанией Celera Genomics (разработка 1998 года) для генома человека (гаплоидный набор хромосом в микроорганизме).
Секвенирование методом дробовика
- Этапы дробного секвенирования включают.
- Подготовка библиотеки.
- Секвенирование фрагментов кфДНК.
- Подсчет фрагментов.
- Выравнивание последовательностей.
- Статистический анализ и отчетность.
